Die Generalversammlung ist das zentrale Gremium der Genossenschaft. Sie beschäftigt sich mit allen wesentlichen Themen des Unternehmens. Hier üben die Mitglieder der ProVitako eG ihre Rechte aus. Sie beraten über die Änderungen der Satzung, den Prüfungsbericht des Verbandes und stellen den Jahresabschluss fest. Die Verwendung des Bilanzgewinns oder auch die Deckung eines möglichen des Bilanzverlustes werden erörtert, sowie die Mitglieder des Aufsichtsrates gewählt und über die Entlastung von Vorstand und Aufsichtsrat entschieden.

Der Aufsichtsrat überwacht die Geschäftsführung des Vorstandes und wird in diesem Zusammenhang über alle wesentlichen Angelegenheiten der Genossenschaft unterrichtet. Er kann jederzeit eine Berichterstattung vom Vorstand verlangen, Bücher und Schriften der Genossenschaft einsehen und prüfen.

Der Jahresabschluss mit Lagebericht und der Vorschlag des Vorstands für die Verwendung eines Bilanzgewinns bzw. Deckung eines Bilanzverlustes, werden von ihm bewertet. Hierüber berichtet der Aufsichtsrat in der Generalversammlung und erläutert seine Feststellungen.

Die Teilnahme an der Schlusssitzung zum voraussichtlichen Ergebnis der gesetzlichen Prüfung, ist eine weitere Aufgabe des Aufsichtsrates. Hier wird der Inhalt des Prüfungsberichtes zur Kenntnis genommen. In der nächsten Sitzung der Generalversammlung wieder sich zum Ergebnis der Prüfung erklären. 

Der Vorstand führt die Geschäfte der Genossenschaft gemäß der rechtlichen Vorschriften. Er vertritt die Genossenschaft gerichtlich und außergerichtlich. Zwei Vorstandsmitglieder der ProVitako eG können rechtsverbindlich für die Genossenschaft zeichnen und Erklärungen abgeben. Sie agieren als die gesetzliche Vertretung.